Dès 1997, l’Orchestre s’engage dans la pédagogie et donne aux côtés de Jean-François Zygel une série de concerts présentés, puis des concerts pédagogiques lors de ses résidences au Théâtre de Poissy (2000-2003) et à la Barbacane dans les Yvelines (2007-2008).
 
Poursuivant cette mission qui lui est chère, à l’initiative du groupe Safran et en partenariat avec le Ministère de l’Éducation Nationale, l’Orchestre de l’Alliance donne régulièrement de grands concerts pédagogiques à la Salle Gaveau devant des jeunes issus de l’éducation prioritaire.